1、遗传代谢病。如果患者过度依赖苯丙酮尿症、高氨血症、脑脂质沉积症、维生素B6等，就很有可能会得癫痫病。另外，还有一种特殊的围产期脑损伤所引起的小儿癫痫病。比如主要是产伤、窒息、颅内出血、缺氧、缺血性脑病等所造成的。缺氧缺血性脑病是小儿癫痫病的病因中很常见的。
2、像细菌性脑膜炎、病毒性脑炎、脑脓肿、霉菌性脑膜炎、脑寄生虫病、接种后脑炎、传染后脑炎等所造成的颅内感染也会间接的引起小儿癫痫病的发生。另外，脑血管疾病也可能会导致小儿癫痫病的发病。
3、常见的低血糖、低血钙、低血镁、维生素B6缺乏，甲状腺功能低下等营养代谢障碍及内分泌疾病也是引起小儿癫痫病病因。此外，外伤和高热惊厥后脑损伤同样也能够导致小儿癫痫病的发病。