1、举办方不同：独立学院是根据教育部的行政规章设立，为本科院校和社会上的个人所举办；而民办学院是根据民办教育法设立，举办方是社会上的个人及组织。
2、办学层次不同：独立学院一定是本科院校，而民办院校既有专科，又有本科。