《了不起的儿科医生》主要是在上海还有云南拍摄的，尤其是医院里的戏份，大部分都是在上海拍摄的。相关的医院包括上海市儿童医院、复旦大学附属儿科医院、上海儿童医学中心、上海睿宝儿科医院、昆明市儿科医院等医疗单位。